Covariates question

[Luc te Marvelde]

Hi all,

Im working on capture-recapture data of Mediterranean gulls. My dataset starts in 1990 and ends in 2004. Im estimating annual survival and recapture probabilities for juveniles and adults seperate (based on gulls ringed as juvenile). Becasue of scaresness of the data, I lumb the first 5 years of juvenile survival and the first 4 years of adult survival. After this first period, i get a different estimate each year. I want to link this survival rate with the breeding density. Im not sure how to do this correctly, because i dont know exactly how to handle the first 'constant' period. (ofcoarse i only want to link the survival estimates after the constant period with the breeding densities in those years).

I cant get my PIMs in here correctly, but they look like this:

Code: Select all

1   15   16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27
    2       17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27
        3   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27
            4   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27
                5   19   20   21   22   23   24   25   26   27
                    6   20   21   22   23   24   25   26   27
                        7   21   22   23   24   25   26   27
                            8   22   23   24   25   26   27
                                9   23   24   25   26   27
                                    10   24   25   26   27
                                        11   25   26   27
                                            12   26   27
                                                13   27
                                                    14


My design matrix (for survival) in which adult survival is constant over all years and juvenile survival is time dependent AFTER the first 5 years looks like this:

Code: Select all

1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
1   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0
1   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0
1   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
1   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0
1   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0
1   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0
1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0


(intercept, age, time)

when i want to see if my juvenile survival correlates with the breeding density of this species.. i think i have to do something like this:

Code: Select all

1   0   x
1   0   x
1   0   x
1   0   x
1   0   x
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0


question... what do i fill in at the 'x' ??? just leave them zero?

[Luc te Marvelde]

Ok, thnx Gary for the answer (by email).

My density number varied from 100 to 1500. I put m in like this, but MARK cant handle such big numbers. Solution: divide density numbers by 1000.
x --> 0

Code: Select all

1   0   x
1   0   x
1   0   x
1   0   x
1   0   x
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   0   [density]
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0
1   1   0